Die Gemeinde Rothenburg ist in der ordentlichen Organisationsform (Geschäftsführermodell) nach dem Gemeindegesetz (SRL 150) organisiert. Das Geschäftsführermodell beinhaltet eine Trennung zwischen der politisch/strategischen (Gemeinderat) und der operativen Ebene (Verwaltung).
Die Stimmbürgerschaft ist das oberste Organ. Sie entscheidet über Festsetzung und Änderungen der Gemeindeordnung und wählt den Gemeinderat als Exekutive und weitere Behörden.

Legislative (Gemeindeversammlung)
Die Legislative in Rothenburg bildet die Gemeindeversammlung, die somit wichtigster kommunaler Entscheidungsträger ist. Ihr gehören alle Stimmberechtigte Einwohnerinnen und Einwohner an. Die Gemeindeversammlung tagt mindestens zweimal jährlich und befindet über Budget, Steuerfuss, Rechnung, Reglementsänderungen etc.


Exekutive (Gemeinderat)
Der Gemeinderat ist die vollziehende Behörde (Exekutive) der Gemeinde. Er vertritt die Gemeinde und bereitet die Geschäfte vor, die den Stimmberechtigten zur Abstimmung unterbreitet werden. Im weiteren entscheidet er über die laufenden Geschäfte im Rahmen seiner Kompetenzen.


Schulpflege
In analoger Weise zum Gemeinderat amtet die Schulpflege als Schulbehörde für die Sachgeschäfte der Schule. Sie arbeitet insbesondere bei Finanzfragen eng mit dem Gemeinderat zusammen.


Controlling-Kommission
Die Controlling-Kommission begleitet den politischen Führungskreislauf zwischen der Gemeindeversammlung und dem Gemeinderat.


Bürgerrechtskommission
Die Bürgerrechtskommission erfüllt die Aufgaben, die das Bürgerrechtsgesetz den Gemeinden im Zusammenhang mit den Einbürgerungen zuweist. Die Bürgerrechtskommission entscheidet abschliessend über die Einbürgerungsgesuche.


Verwaltung (Gemeindeverwaltung)
Für die operative Führung der Verwaltung ist der Geschäftsführer verantwortlich. Mit ihm zusammen bilden die vier Ressortleitenden Zentrale Dienste, Dienstleistungen, öffentliche Infrastruktur und Bildung die Geschäftsleitung.

Die Verwaltung bildet den stabilen Kern der kommunalen Vollzugsorganisation. Sie steht der Gemeinderat als Ausführungsorgan und der Bevölkerung für Dienstleistungen und Anfragen zur Verfügung.